По одному договору можно вперемешку оформлять и УПД, и накладные
Форма УПД — рекомендательная. По этому можно выдавать и его, и накладные, в том числе в рамках одного договора. Более того, этот УПД приравнивается одновременно и к первичке, и к счету-фактуре.